Trường Đại học Y Dược Hải Phòng hiện đang đào tạo các bậc học sau đại học: Tiến sỹ (các chuyên ngành Y tế công cộng, Nội khoa, Ngoại khoa, Nhi khoa); Thạc sĩ (Nội, Ngoại, Nhi, Y tế công cộng, Y học biển, Xét nghiệm Y học); Bác sĩ chuyên khoa II (Nội khoa, Ngoại khoa, Sản phụ khoa, Nhi khoa, và Quản lý y tế); Bác sĩ chuyên khoa I (Nội, Ngoại, Sản, Nhi, Y tế công cộng, Chẩn đoán hình ảnh, Y học cổ truyền, Lao và Bệnh phổi, Răng hàm mặt, Mắt, Tai Mũi Họng, Hóa sinh, và Y học gia đình); Bác sĩ nội trú (Nội, Ngoại, Sản, Nhi); Chuyên khoa định hướng các chuyên ngành.

Các luận án tốt nghiệp đều hướng tới mục tiêu cơ bản là chứng tỏ năng lực của học viên, khả năng nghiên cứu, làm việc độc lập và đóng góp mới cho khoa học. Nhà trường cũng đã phối hợp tổ chức hàng loạt các cuộc tập huấn và đào tạo lại cho cán bộ y tế tại các tuyến khác nhau về các vấn đề y tế cấp bách như HIV/AIDS, lao kháng thuốc, sử dụng thuốc hợp lý, các kỹ thuật y học mới…

Để nâng cao chất lượng đào tạo sau đại học, chú trọng năng lực thực hành và cập nhật kiến thức, công nghệ mới, Trường Đại học Y Dược Hải Phòng đã và đang hợp tác với một số trường Đại học trên thế giới để đào tạo cho cán bộ, giảng viên và học viên sau đại học, nhất là các khóa tham quan, học hỏi kỹ thuật. Thực tập ngắn hạn và có trọng điểm tại các Trung tâm y học tiên tiến là cơ sở cho nhà trường nhanh chóng nâng cao chất lượng dạy và học sau đại học, một kết quả trực tiếp của hoạt động hợp tác quốc tế.